Некогда единый мир Atreia населяла могущественная раса драконов Balaur - послушников, созданных богом Aion. Но их желания и цели не всегда совпадали со взглядами Создателя, и внешнему спокойствию мира Atreia пришел конец. Драконы восстали против своего Творца. Тогда Aion создал новую расу - Daevas. Более слабые по сравнению со своими предшественниками, они были наделены непреодолимым чувством преданности и верно служили богу.
Daevas мужественно сражались с Balaur и изгнали их из мира Atreia. На какое-то время в тех местах вновь воцарился мир. Но Daevas, по-прежнему безоговорочно верных своему Создателю, разделили разные взгляды на дальнейшую судьбу Balaur. Одни мечтали прекратить войну с драконами и заключить мир, другие - сражаться до полного уничтожения врага.
Balaur предложили мир и, воспользовавшись случаем, предательски атаковали Башню Вечности (The Tower of Eternity), физическую оболочку бога Aion. Ее уничтожение вызвало глобальную катастрофу, которая разрушила целостный мир и возвышавшуюся над ним Башню Вечности. Теперь мир Atreia поделен на две части, в каждой из которых находится разрушенная половина Башни.
Нижняя часть мира, наполненная солнечным светом, досталась Elyos, тогда как верхней половине и населяющей ее Asmodians пришлось выживать во мраке. Обе фракции стали заклятыми врагами, обвиняя друг друга в разрушении Башни Вечности и всего мира. С этих пор лишь полное уничтожение врага даст каждой из фракций надежду на светлое будущее.
Сегодня трехсторонняя война между Elyos, Asmodians и Balaur не прекращается ни на секунду. Потерянная связь с Богом вынуждает каждую из рас сражаться за последнюю цитадель надежды - оставшуюся половину Башни Вечности. Игроку Aion предстоит выбрать, на какую сторону встать, и пройти свой собственный путь восхождения от простого солдата до генерала армии, сражающейся за будущее в этой трехсторонней войне.